Né le 5 mai 1928 à Evreux
Professeur à la Faculté des sciences de Paris (1961), puis à l'Université Pierre et Marie Curie (1971-1991)
Prix Viquesnel (1962) puis Prix Gaudry (1990)
Président de la Société Géologique de France en 1976
Après des études au lycée Buffon, Aubouin fréquenta le lycée Saint-Louis dont il suivit les classes préparatoires. Il intégra en 1948 l'École normale supérieure de Saint-Cloud et prépara sa licence à la Sorbonne. Il obtint en 1952 l'agrégation.
Nommé en 1952 assistant à la faculté des sciences de Paris, il y prépara sa thèse de doctorat d'Etat : Contribution à l'étude géologique de la Grèce septentrionale : les confins de l'Epire et de la Thessalie, qu'il soutint en 1958. Il fut nommé en 1959 maître de conférences de géologie générale, puis professeur à la faculté des sciences de Paris (1961).
De 1960 à1991, Jean Aubouin a dirigé des recherches sur l'ensemble italo-dinarique (Grèce, ex-Yougoslavie, Albanie et Italie du Nord), les Cordillères américaines et l'ouest Pacifique (Japon). S'orientant partiellement vers l'océanographie, il prit part, entre 1970 et 1980, à des campagnes à la mer en Méditerranée (arc égéen) et dans le Pacifique (fosses d'Amérique centrale, du Japon et des Tonga).
Il a organisé plusieurs colloques, notamment sur les Dinarides (1960, 1970), les Andes (1973), la géologie des régions égéennes (1975), les associations mafiques-ultramafiques (1977), les chaînes alpines nées de la Tethys (1980), les Cordillères américaines (1986) et l'évolution de la Tethys (1986).
Il a présidé en 1980 à Paris le 26e Congrès géologique international.
Élu en 1978 correspondant, il est devenu en 1981 membre de l'Académie des sciences, dont il fut président en 1989-90. Il est également membre de sept académies étrangères : Accademia dei Lincei, Académie d'Athènes, Académies des sciences de Russie, de Croatie et d'Albanie, Académie royale des sciences, lettres et arts de Belgique et Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina et membre fondateur de l'Academia europaea.
Il a publié plusieurs ouvrages : Geosynclines (1965), Précis de Géologie (en collaboration avec Robert Brousse et Jean-Pierre Lehman, 1967, réédité trois fois) et Manuel de travaux pratiques de cartographie (en collaboration avec Jean Dercourt et B. Labesse, 1969).