Fils de Jean-Baptiste TOQUÉ, commerçant à St-Cyr l'Ecole, et de Antoine Clémentine LOMMERAT.
Il obtient du Tribunal civil de Versailles en 1893 de changer son nom de TOQUÉ en FOCQUÉ.
Ancien élève de l'Ecole polytechnique (promotion 1882, entré classé 17 et sorti classé 2 sur 243 élèves), et de l'Ecole des Mines de Paris (entré 2ème et sorti 1er sur 7 élèves). Corps des mines. Licencié en sciences mathématiques et licencié en droit.
Au début de sa carrière, il participe aux secrétariat du Conseil général des mines (1888-1889). Il s'occupe du sous-arrondissement minéralogique de Troyes.
Influencé par CHEYSSON qui était son professeur à l'Ecole des mines, il s'oriente vers l'étude des questions ouvrières, notamment les conditions de travail et le travail des femmes et des enfants. Arthur FONTAINE était en 1891 chef de la section statistique de l'Office du travail. Alfred FOCQUÉ était l'un de ses adjoint directs. Ils réalisent alors une vaste enquête statistique sur les salaires des ouvriers, leurs sexes et nationalités, etc. Alfred FOCQUÉ obtient conjointement avec CHEYSSON le prix Montyon de statistique en décembre 1891.
En 1893-94, il participe à une nouvelle rédaction de la Loi sur les Mines, Minières et carrières.
En 1893, il contrôle le réseau ferré de l'Est. En 1895, il est ingénieur aux Chemins de fer de l'Etat.
Nommé ingénieur de 1ère classe des mines en 1899, il est mis en congé illimité de l'Administration. Il devient alors sous-directeur de la Compagnie générale de traction, dont il devient directeur en 1901.
A partir de 1905, il est directeur général de la Compagnie Française des Cables Télégraphiques, dont il est retraité en 1930 comme directeur honoraire. Cette société, quoique privée, accomplissait une mission de service public en vertu d'une convention du 28 mars 1901 approuvée par une loi du 31 juillet 1901.
Il est nommé Officier de la Légion d'honneur (1935) sur recommandation de Albert LEBRUN.