Fils de Claude GONTHIER, banquier, et de Anne Caroline Françoise PASTEUR.
Ancien élève de l'Ecole polytechnique (promotion 1858, sorti classé 3 sur 91 élèves), et de l'Ecole des mines de Paris. corps des mines.
Gonthier fut nommé directeur de l'Ecole des mineurs de Saint-Etienne début 1882. Le 30 mars 1882, il vit la transformation du nom de l'Ecole en "Ecole des Mines" et la création d'un Conseil de perfectionnement.
Il demande la modernisation de l'attribution du diplôme (sans succès).
En 1888, Gonthier est accusé de favoriser l'entrée à l'Ecole des candidats présentés par les Frères de la Doctrine chrétienne. Il doit abandonner la direction de l'Ecole et prendre la responsabilité de l'arrondissement de Clermont-Ferrand. La modernisation de l'admission à l'Ecole des mines de Saint-Etienne, tant demandée par Gonthier, vient alors d'être acceptée par la tutelle (suppression des centres d'examen dispersés et remplacement par un centre unique à l'Ecole) mais c'est son successeur, Albert Olry, qui va s'en occuper.
Le 1er janvier 1891, Gonthier est nommé ingénieur en chef des mines à Chambéry.