Né à Lyon en 1839.
Charles-François Fontannes étudia au lycée de sa ville natale et obtint son baccalauréat à 16 ans mais il fut contraint par son père de recevoir une formation commerciale. Il étudia en Allemagne puis en Angleterre et revint à Lyon pour y commencer une carrière pour laquelle il n'avait aucun goût. Retenu en Allemagne après la guerre de 1870, ce n'est qu'à son retour dans la capitale des Gaules qu'il put entreprendre des recherches géologiques. Après avoir accompagné Louis Lortet dans un voyage en Grèce, il décida de suivre les cours de géologie de la Faculté des sciences de Lyon et fréquenta le Muséum d'histoire naturelle de sa ville natale.
Il se fit remarquer en 1875 par son Étude sur le vallon de la Fuly qui fut le premier fascicule d'une longue série d'Études stratigraphiques et paléontologiques pour servir à l'histoire de la période tertiaire dans le bassin du Rhône (1875-1885). Cette série de huit mémoires constitue une oeuvre considérable dans laquelle l'auteur décrivit principalement les dépôts néogènes de la vallée du Rhône et de ses annexes, sans oublier ses travaux sur le « groupe d'Aix » dans lequel il s'intéressa également à l'Éocène et à l'Oligocène, étendant ses investigations jusqu'au Bas-Languedoc. En complément à ses études stratigraphiques, François Fontannes publia en outre, par fascicules, deux volumes de recherches paléontologiques sur Les mollusques pliocènes de la vallée du Rhône et du Roussillon (1879-1883).
Travailleur acharné, François Fontannes mourut prématurément à l'âge de 48 ans en décembre 1886, des suites d'une maladie contractée sur le terrain lors des pluies torrentielles de novembre 1886.
J. GAUDANT