Né en 1942 à Paris.
Ancien élève de l'Ecole des mines de Nancy (promotion 1961). Ingénieur civil des mines.
Jean-François Raffoux a commencé sa carrière de chercheur dans l'exploitation minière en 1964 comme thésard au Laboratoire de Mécanique des Terrains du CERCHAR à l'École des mines de Nancy sous la direction de Bertrand Schwartz. Après sa thèse consacrée au boulonnage des terrains miniers et son service militaire (Génie, Enseignant de Mathématiques et Probabilités), il regagne le laboratoire du CERCHAR à Nancy qu'il anime tout en étant chargé de l'enseignement de mécanique des Terrains à l'École des mines. En 1975, il est nommé Chef du groupe Terrains du CERCHAR et coordonne à ce titre les activités des deux pôles de ce groupe à Nancy et à Verneuil-en-Halatte.
Chef du département mine de 1981 à 1986, il va conjointement assurer la direction technique du GIE (GEGS), de 1981 à 1986, constitué par CdF, GdE IFP et le BRGM pour développer un procédé de gazéification souterraine du charbon.
Appelé auprès du directeur des recherches du CERCHAR en 1986, il va lui succéder à ce poste et contribuer à la transformation au Ier janvier 1991 du CERCHAR en Institut National de l'Environnemnet Industriel et des Risques (INERIS). En 1993, il en sera nommé directeur scientifique. Jean-François Raffoux est depuis 1970 membre du Comité Français de Mécanique des Roches, de la Société de l'Industrie Minérale et de l'Association française des travaux souterrains.
Au niveau européen, Jean-François Raffoux est membre du Comité de recherche Charbon auprès de la Commission Européenne et du Comité de la recherche technique du Groupement Européen des Producteurs de Charbon (CECSO).
De 1994 à 1998, il a été président élu de l'European Safety and Reliability Data Association (ESReDA).